آیات مشکل، آیاتی هستند که فهم آنها برای مبتدئ دشوار بوده و نیازمند تحلیل دقیق لغوی، تفسیری و سیاقی می باشند.پژوهش با هدف دستیابی به روشی نظاممند و معتبر برای فهم آیات مشکل قرآن، براساس آموزههای اهلبیت علیهمالسلام و ارائه الگویی برای تفسیر صحیح و پرهیز از برداشتهای نادرست و انحرافی به روش توصیفی-تحلیلی ؛ با استفاده از ابزار کتابخانه ای به نتایج کنونی دست یافته است.آیه : ۵۱ سوره قلم، به تأثیر روانی نگاه انسان اشاره دارد که میتواند منشأ آسیب باشد، و با وجود عدم اشاره مستقیم به چشمزخم، زمینه پیوند عرفی با وحی را فراهم میکند.در خصوص آیات خلقت انسان مانند آیه : ۴۵ سوره نور و آیات دیگر، تفاوت در تعابیر به معنای تعارض نیست، بلکه نشانه تنوع مراحل خلقت و تجلی حکمت الهی است. همچنین، تفاوت در توصیف مأموریت حضرت موسیعلیهالسلام در آیه : ۳۲ سوره شعراء و آیات معارض، ناشی از تعدد موقعیتها، تفاوت در زاویه توصیف و تکامل ظهور قدرت الهی در فرآیند اعجاز است.به نظر می رسد؛ اهل بیتعلیهمالسلام در حل آیات به ظاهر مشکل، اصولی مانند رجوع به آیات محکم، توجه به تاریخ صحیح، استناد به سیاق، در نظر گرفتن قواعد ادبی، تعقل در آیات و رجوع به سنت نبوی را به کار بردهاند.