به دلیل سه مشکل عمده باید به دنبال روشی برای مطالعه موضوعات مختلف در قرآن باشیم. اول اینکه ما واقعاً وقتی در ذهن ما سؤالی مطرح می شود نمی دانیم که آیا قرآن برای آن پاسخی دارد یا خیر. دوم، فقدان روشی برای طبقه بندی و تحلیل آیاتی است که جمع‌آوری کرده ایم. سوم اینکه نمی دانیم آیات را بر اساس کدام اصول، روش و قواعد باید «بخوانیم»؟ چگونه باید داده های جمع آوری شده را تجزیه و تحلیل و طبقه بندی کنیم؟ چگونه می‌توانیم ایده‌هایی را که مطرح می‌شوند، دریافت کنیم؟ این مقاله قصد دارد گامی در ارائه روشی برای تحقیق و پژوهش موضوعی در قرآن بردارد. برخی از مراحل و قواعد اصلی که در تحقیق موضوعی قرآن باید رعایت شود عبارتند از: انتخاب موضوع، یافتن کلیدواژه ها و تعیین عنوان. تهیه مقالات مشابه تحقیق. تهیه فهرست آیات اصلی؛ تهیه فهرست رکوعات؛ تلاوت مکرر آیه; یادداشت نمودن  ایده ها و نکات آیه; توجه به سوالات مطرح شده؛ توجه عمیق و در نظر گرفتن سیاق؛ توجه به ساختار، نظم و هارمونی‌های کشف شده در فرآیند تحقیق و غیره.